在进行论文查重时，是否需要将参考文献放入查重系统中，这取决于你所使用的查重系统的具体要求和学校的规定。以下是一些常见的情况和建议：

一般情况下

包含参考文献：大多数查重系统在进行检测时会将参考文献作为检测的一部分。这是因为查重系统需要全面比对论文中的所有内容，包括参考文献部分，以确保检测结果的完整性和准确性。

正确引用：确保你的参考文献格式正确，并且遵循了学术规范。正确的引用格式可以帮助查重系统识别哪些内容是被引用的，从而避免将这些内容错误地标记为抄袭。

特殊情况下

系统要求：有些查重系统可能允许或要求用户在上传论文时排除参考文献部分。这通常是为了更准确地计算正文部分的相似度。在这种情况下，你应该遵循系统的指导进行操作。

学校规定：不同的学校或机构可能有不同的规定。有些学校可能要求学生在提交论文时单独提交参考文献列表，以便查重系统能够正确处理。

建议

了解要求：在进行查重之前，最好先了解你所在学校或出版机构的具体要求，以及所使用的查重系统的操作指南。

预检：在正式提交论文之前，可以进行预检，以确保参考文献的引用不会错误地影响查重结果。

咨询导师：如果你对查重过程有疑问，可以咨询你的导师或学校的图书馆工作人员，他们通常会提供有关查重的实用建议。

使用官方系统：如果可能，尽量使用学校官方推荐的查重系统，因为这些系统通常已经根据学校的要求进行了相应的设置。

总之，参考文献通常是需要放入查重系统中的，但具体情况应根据查重系统的要求和学校的规定来确定。正确处理参考文献部分，可以避免不必要的查重问题，确保论文查重的顺利进行。