论文正文部分是硕士研究生论文查重主要的部分，开头的摘要以及最后的致谢，都是需要检测的内容。知网对该部分数据也是根据连续13个字以上重复字数计算重复率。

因此，对于一些引用部分，作者应当以脚注的形式明确表明，知网将会在论文检测报告中以去除引用文献部分的重复率表明。

知网查重是根据硕士研究生论文的目录分章进行查重，目录并不在查重的范围之内，但是前提是目录格式必须正确，否则目录就会被系统自动分段识别在正文中，容易发生重复率极高的情况。

除此之外，知网也不会对参考文献进行查重，但是由于部分作者的参考文献的格式有误，知网难以识别该部分属于参考文献部分，则也会将该部分参考文献纳入论文查重的范畴之内。