查重时是否需要包含参考文献取决于具体的查重要求和所使用的查重系统。在学术出版中，参考文献是论文的重要组成部分，它们表明了作者对现有研究的了解和依赖。以下是关于参考文献在查重过程中的一些常见做法：

1、包含参考文献：有些查重系统和期刊要求在提交查重的文档中包含参考文献。这是因为参考文献中可能包含与已发表文献相似的文本，特别是在引用和描述研究方法、理论框架或实验设计时。在这种情况下，参考文献被视为论文整体查重的一部分。

2、排除参考文献：另一些查重系统或期刊可能允许在查重时排除参考文献部分。这是因为参考文献的文本通常是直接从其他文献中复制过来的，其目的是为了提供准确的引用信息，而不是原创内容。在这种情况下，查重系统会忽略参考文献部分，以避免影响整体的查重结果。

3、查重系统设置：大多数现代查重系统允许用户自定义查重的范围，包括是否排除参考文献。在提交查重之前，作者应该根据期刊的具体要求或查重系统的指导来设置。

4、期刊要求：不同的期刊可能有不同的查重政策。在准备投稿之前，最好查阅目标期刊的作者指南或直接联系编辑部，了解他们的查重要求，包括是否需要包含参考文献。

总的来说，如果期刊或查重系统没有明确指出是否需要包含参考文献，作者应该默认包含参考文献进行查重，以确保查重结果的准确性和完整性。同时，作者也应该确保所有引用的内容都遵循适当的引用规范，以避免抄袭的嫌疑。